İslâmî ilimlerin yeniden yapılanmasının tartışıldığı günümüzde önemli problemlerin başında Metodoloji Mes’elesi gelmektedir. İSAV tarafından "İslâmî İlimlerde Metodoloji Problemi" ana başlığı altında "Din Eğitimi, İslâm Felsefesi, Kelâm, İslâm Mezhepleri Tarihi, Tefsir, Hadis, İslâm Tarihi, İslâm Hukuku, Tasavvuf, İslâm İktisadı ve Dinler Tarihi" ilimlerindeki usûl mes’eleleri ve bu hususlardaki tartışmalar 2003-2005 yıllarında 11 müstakil toplantıda ele alınmış, günümüz ilimlerindeki gelişmelere paralel olarak bu ilimlerde mevcut metodoloji problemleri ve çözüm yolları aranmıştır.